Segue abaixo as características práticas de cada opção, para que você decida qual é a melhor para o seu caso.

 

POP3

POP3 é um protocolo mais antigo que foi originalmente projetado para ser usado em apenas um computador. Como o e-mail é baixado para  o computador, o acesso aos e-mails é mais rápido do que no IMAP.
Adicionalmente, usa pouco espaço do servidor de hospedagem, porque os e-mails ficam fisicamente no seu computador. Também por esse motivo, quando um computador é formatado, antes é preciso salvar os e-mails para depois restaurá-los.
É possível programar para que os e-mails recebidos dos últimos 180 dias fiquem no servidor e dessa forma possam ser acessados em qualquer dispositivo (computador, webmail e celular), mas isso não funciona para os e-mails enviados, que ficam apenas no dispositivo em que foi enviado.

 

IMAP

Com as contas IMAP, as mensagens são armazenadas em um servidor remoto. Os usuários podem fazer logon através de vários clientes de email, em computadores ou dispositivos móveis, para ler as mesmas mensagens. Todas as alterações feitas na caixa de correio serão sincronizadas em vários dispositivos, e as mensagens só serão removidas do servidor se o usuário apagar o email. A desvantagem é que leva mais tempo para sincronizar as mensagens do que no POP e que os e-mails vão ocupando cada vez mais espaço do servidor.
As soluções para esse problema são:
* Contratar um plano de hospedagem com mais espaço
* Deletar periodicamente os e-mails mais antigos ou mais irrelevantes
* Baixar os e-mails mais antigos para o seu computador

 

Nossa sugestão é sempre utilizar o IMAP para dispositivos móveis.
Para computadores, deve ser analisado caso a caso.